El orígen de la armada de México se remonta a la época de la Colonia, cuando fueron armados los navíos que cubrían la ruta marítima que transitaba de Veracruz a España, y como una respuesta al auge de la piratería en casi todos los mares del mundo. Así, en la Nueva España se constituyó en 1628 la Armada de Barlovento, cuya función consistía en combatir a los filibusteros que en el Golfo de México atacaban las embarcaciones locales.
Al independizarse México de España, la Junta Provisional Gubernativa en lo Ejecutivo entregó el 8 de octubre de 1821 a la Primera Regencia el decreto que establecía cuatro ministerios, entre ellos el de Guerra y Marina. Este tuvo como una de sus encomiendas desalojar a la tropa española que ocupaba la fortaleza de San Juan de Ulúa, cuerpo expedicionario que pretendía reconquistar el territorio mexicano.
Pedro Sáenz de Baranda hizo capitular el baluarte de Ulúa, último reducto español, con una flotilla naviera compuesta de fragatas, balandras, corbetas, goletas y bergantines. Los nombres de algunas de estas naves fueron: Iguala, Anáhuac, Campechana, Chalco, Chapala, Orizaba, Texcoco, Zumpango, Libertad, Bravo y Victoria. En 1825, la presencia de las embarcaciones comandadas por Sáenz de la Baranda impidieron en dos ocasiones (el 5 y el 11 de octubre) que los militares españoles recibieran apoyo logístico para lograr su cometido. La guarnición de San Juan de Ulúa se rindió; en consecuencia, el 23 de noviembre de ese año se izó la Bandera Mexicana en la fortaleza, reafirmándose de esta manera la Independencia de México.
El desarrollo de la Armada de México se fortaleció el 1 de julio de 1897 con la creación de la Escuela Naval Militar en la ciudad de Veracruz, la cual comenzó sus actividades docentes en 1899, y cuya dirección recayó en el comodoro Manuel Izaguirre. El alumnado inicial estuvo integrado por cincuenta cadetes, quienes se preparaban en alguna de las dos opciones profesionales que ofrecía: la de oficiales a cubierta y la de maquinistas navales. La superación y calidad de su enseñanza han hecho que actualmente esta institución constituya el principal centro de estudios navales del país, pues en ella se prepara a los oficiales de los cuerpos de mando que conforman la Armada de México: el Cuerpo General.
El 21 de abril de 1914, los cadetes de la Escuela Naval Militar demostraron su lealtad a la Patria y a la Institución, al defenderlas del ataque perpetrado por las fuerzas militares norteamericanas. Ese día, el teniente José Azueta Abad y el cadete Virgilio Uribe Robles ofrendaron sus vidas. Por esa razón, el 20 de noviembre de 1949, el Honorable Congreso de la Unión decidió que a ese centro educativo se le honrara con el calificativo de Heroica, por lo cual desde esa fecha se le denomina Heroica Escuela Naval Militar.
Al tomar posesión de las fuerzas navales del país en 1915, el Primer Jefe de Ejército Constitucionalista, Venustiano Carranza, la Marina de Guerra pasó a designarse Armada Nacional; de este modo se creó la Fuerza de Infantería de Marina, que se formó con un destacamento a bordo del cañonero-transporte Guerrero.
La Secretaría de Marina-Armada de México se creó el 31 de diciembre de 1940 por decreto presidencial, por el cual también se le asignó la misión de emplear su poderío militar en la defensa exterior del país y la seguridad interior. En consecuencia, se le otorgó la facultad de ejercer jurisdicción militar en los siguientes puntos geográficos comprendidos en el territorio nacional: mares territoriales, zona marítimo-costera, islas, cayos, arrecifes, zócalos, plataformas continentales (incluyendo los espacios aéreos correspondientes), aguas interiores y vías fluviales. Así, esta disposición consolidó a una institución que día con día custodia nuestra soberanía, "lo mismo en la tierra que en el aire o en el mar".
El servicio desinteresado a la Nación, las Instituciones y al pueblo mismo constituye la razón de ser de la Armada de México. El ser copartícipe en la construcción de la historia patria ha sido motivo para que, a partir de 1991, se decretara que el 23 de noviembre de cada año se celebre a esta Institución.